Genetická banka ÚBO a Národní genetická banka živočichů

Obrovský technologický rozvoj posledních desetiletí způsobil, že se molekulárně-genetické metody postupně staly rutinním nástrojem zoologického výzkumu a sběr genetických vzorků se stal součástí mnoha projektů zaměřených na výzkum volně žijících živočichů. Sběr genetického materiálu do určité míry nahradil shromažďování celých těl živočichů a tvorbu klasických preparátů. V souvislosti s tímto vývojem byla v roce 2015 založena Genetická banka ÚBO a také Národní genetická banka živočichů. Význam biologických sbírek navíc v posledních letech významně roste s tím, jak rychle ubývá druhů na planetě Zemi. Biologický materiál slouží nejen jako doklad o (dříve) existující biologické rozmanitosti, ale také umožňuje mapovat změny genetické diverzity v prostoru a čase. Tak může poskytnout odpovědi na otázky po příčinách ohrožení nebo zániku konkrétních populací a prospět nejen zoologickému výzkumu ale i druhové ochraně.

Národní genetická banka živočichů (NGBŽ) je sítí institucí, jejichž společným zájmem je dlouhodobé uchovávání kvalitně konzervovaných genomických vzorků živočichů a publikování údajů o těchto vzorcích ve veřejných databázích, aby byly k dispozici pro (další) výzkum. Vznikla z iniciativy Ústavu biologie obratlovců AV ČR (ÚBO), kde také sídlí sekretariát NGBŽ, a Katedry zoologie Přírodovědecké fakulty UK v Praze. Kromě organizací, které provozují vlastní genetické sbírky, jsou členy sítě také organizace, které přispívají k uchovávání biologického materiálu jinak, např. jako poskytovatelé vzorků do některé z členských sbírek. Za účelem navýšení množství a rozmanitosti dostupného materiálu zve NGBŽ k členství také další dosud nezapojené instituce, které s biologickým materiálem pracují.

Údaje o dostupných vzorcích banky jsou průběžně publikovány v databázi vzorků NGBŽ a také na datovém portálu mezinárodní sítě mimo-lidských sbírek genomického materiálu the Global Genome Biodiversity Network (GGBN) (Repository IVB). Ke konci roku 2022 bylo zveřejněno téměř 17 000 genomických vzorků z 18 zemí a čtyř kontinentů. Velkou část z těchto vzorků tvoří kolekce drobných zemních savců z východní subsaharské Afriky a kolekce evropských pěvců. Další početnější kolekcí jsou např. vzorky většiny druhů ryb střední Evropy. Ve sbírce jsou dále zastoupeni afričtí a evropští netopýři, drobní zemní savci z Balkánu, Středního východu a Ruska a jednotlivými vzorky další středoevropská fauna. Kromě volně žijících živočichů je v bance k dispozici více než 1000 vzorků různých plenem kura domácího nebo kolekce vzorků chovaných papoušků. Další tisíce vzorků čekají na zpracování a zveřejnění.

Na webových stránkách NGBŽ lze vedle databáze vzorků nalézt také další informace, např. seznam členů NGBŽ a dalších spolupracujících organizací, návody, jak postupovat v případě zájmu o vzorky NGBŽ nebo o spolupráci, a mezi materiály ke stažení např. návod k odběru genetických vzorků, vzorovou tabulku požadovaných údajů ke vzorkům nebo Memorandum spolupráce mezi členy sítě NGBŽ, jehož podpisem je možné se do sítě zapojit.

Genetická banka ÚBO (GB ÚBO) se specializuje na volně žijící obratlovce a vzorky v ní uložené pocházejí z ukončených výzkumných projektů, z příležitostných sběrů zaměstnanců ústavu i od externích poskytovatelů (jako jsou např. záchranné stanice pro volně žijící živočichy nebo přírodovědná muzea), kteří vzorky odebírají z uhynulých jedinců. Nejstarší vzorky GB ÚBO pocházejí ze sběrů prof. Jana Zimy, který s nimi začal už na začátku 90. let minulého století. Vzorky banky (obvykle kousek tkáně ve zkumavce s 96% etanolem) jsou uchovávány v hlubokomrazících boxech (-80 °C) na pracovišti ve Studenci a v úložišti NGBŽ na terénní stanici ÚBO Mohelský mlýn. GB ÚBO je propojena jak s Dokladovou sbírkou obratlovců ÚBO, tak s dalšími relevantními sbírkami, tj. usiluje o uchování informací o místech uložení veškerého materiálu z konkrétního jedince (např. je-li v bance uložen genetický vzorek živočicha, který posloužil k tvorbě preparátu v některém z přírodovědných muzeí). GB ÚBO je registrována v mezinárodním registru vědeckých sbírek Global Registry of Scientific Collections (GRSciColl) pod kódem IVB a je také členem mezinárodní sítě GGBN.

NGBŽ vznikla za finanční podpory EHP fondů 2009–2014 a Kraje Vysočina a její další činnost je podporována Strategií AV21 a dalšími krátkodobými projekty.